Po przerwie, w której klient odświeża się bagietką lub owocami, odbieramy go z pokoju pacjenta i prowadzimy na salę operacyjną. Klient siada w fotelu operacyjnym. Ponownie zakreślamy linie czy obszary, w których powinny wyrosnąć nowe włosy.
Następnie rozpoczynamy zabieg, wprowadzając miejscowe znieczulenie w obszar biorczy wszczepów.
W celu złagodzenia bólu podczas poszczególnych nakłuć stosujemy lód syntetyczny w aerosolu, dzięki czemu wrażenie bólu jest bardzo łagodne i krótkotrwałe. W ciągu mniej więcej trzech minut zadziała znieczulenie, po czym pacjent nie odczuwa już żadnego bólu, jedynie dotyk lub ucisk. Rozpoczynamy etap przygotowania łożysk - otworów dla nowo zaimplantowanych wszczepów włosów. Czas wykonywania otworów wynosi zwykle 20 do 30 minut, w zależności od liczby wszczepów.
Otwory do implantacji mają identyczną średnicę jak igła do pobierania, a co za tym idzie, wszczepy dokładnie naśladują kształt i rozmiary otworów, do których zostają zaimplantowane. W ten sposób są one doskonale dopasowane do przygotowanych otworów. Ma to zasadnicze znaczenie dla gojenia i końcowego wrażenia estetycznego.
Podczas powyższych czynności należy skoncentrować się na kilku bardzo istotnych punktach: nachyleniu otworu, skręcie, głębokości i grubości nakłucia. Liczy się wszystko, co będzie miało wpływ na ostateczny wzrost nowego włosa przez resztę życia. Każde nakłucie sprawdzamy i podliczamy, dzięki czemu mamy pewność co do liczby wszczepów.
Od momentu wyjęcia do osadzenia zpowrotem w skórze wszczepy umieszczone zostają w specjalnym roztworze chroniącym je przed wpływami zewnętrznymi, przede wszystkim wyschnięciem i utratą żywotności. Roztwór zawiera witaminę C w charakterze przeciwutleniacza oraz inne ochronne substancje chemiczne, w tym osocze. Te ostatnie wspomagają proces gojenia i przyjmowanie się wszczepów.
Część ta przypomina klientom odgłosy obierania pomarańczy. Po wywierceniu ostatniego z otworów następuje ich oczyszczenie pincetą, aby usunąć z nich części naskórka – najbardziej zewnętrznej części skóry. W razie wepchnięcia naskórka do środka przez nowy wszczep mogłaby bowiem wystąpić reakcja zapalna. Pod koniec drugiego etapu zabiegu wykonywane jest zawsze zdjęcie powierzchni osadzonej nowymi wszczepami.